En 2006, la production du Kombi avec moteur refroidi par eau et moteur flex (essence et éthanol) a débuté. Le moteur 1.4, dérivé de celui de la Fox/Polo utilisé à l'export, a été choisi pour remplacer le moteur refroidi par air. Ce moteur flex s'est parfaitement intégré au Kombi, améliorant ses performances et sa consommation, tout en optimisant légèrement sa stabilité grâce à son positionnement et en réduisant le bruit. Une nouvelle calandre, identique à celle du modèle mexicain et différente de celle du modèle Diesel des années 80, a marqué le principal changement esthétique. Un nouveau tableau de bord a également été installé, mais sans thermomètre d'eau ; seul un voyant d'alerte de surchauffe moteur était présent.
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